La jurisdicción de Breña Baja, como las demás de la isla, correspondió al Cabildo de La Palma hasta que a partir de la Constitución de 1812 se separó de ella y formó su municipio con entera independencia. Desde principios del siglo XVI es constante la distinción entre la Breña de Arriba y la Breña de Abajo.
Hasta 1634, Breña Baja estuvo unida a Breña Alta en una única jurisdicción conocida como Las Breñas, gobernadas por un alcalde pedáneo, nombrado por el Cabildo de la Isla. La división en dos pueblos, que se denominaron Breña Alta y Breña Baja, fue establecida por la Justicia de la isla en Auto del 20 de Noviembre del mismo año, a pedimento de los vecinos de Breña Baja.
A partir de entonces se dividieron ambos pueblos, llevando cada uno la denominación que hoy tienen. Se nombró para Breña Baja un Alcalde pedáneo y Alguacil ejecutor, como los tenía Breña Alta y con iguales facultades y atribuciones. Surgió, con esta división, el problema de lo que debía hacerse con el Pósito que había sido fundado por los vecinos de ambas localidades, para repartir en tiempo de sementera a los labradores pobres y en tiempos de necesidad a todos los vecinos sin excepción. El Magistrado de esta isla dispuso que se dividiese el caudal de este establecimiento por la mitad, entre ambos pueblos, y de este modo quedó zanjada esta dificultad a satisfacción de todos.
En un principio la Iglesia de San José fue una simple ermita anexa al curato de San Pedro de Breña Alta, cabeza eclesiástica del lugar, y su fundación se remonta al año 1548.
La lejanía de la Iglesia de San Pedro de Buenavista hizo que desde su fundación la ermita de San José adquiriera funciones de parroquia, de modo que desde un principio tuvo un capellán que acudía los domingos y días de fiesta a dar misa. Los vecinos sólo acudían a la Iglesia de San Pedro de Buenavista para bautizar a sus hijos o contraer matrimonio, de la misma forma que lo hacían en la parroquia de El Salvador en Santa Cruz de La Palma.
Esta situación perduró hasta que en 1637 se dio autorización para que la antigua Ermita de San José se erigiera en iglesia parroquial. Los vecinos de Breña Baja presentaron una petición ante el obispo en la que exponían los grandes inconvenientes que experimentaban por estar tan apartados y distantes de la Iglesia de San Pedro de Buenavista. Las razones alegadas para la creación de la nueva parroquia eran: el aumento del vecindario, donde había tanto o más que en Breña Alta; la división que se había hecho del pósito y el carácter disperso del poblamiento; la necesidad de sacramentar y atender debidamente a los enfermos moribundos y las dificultades para llevar a enterrar los cadáveres y los niños a bautizar a la Iglesia de San Pedro.
La iglesia de Breña Baja, cuya renta era la más pobre de la isla, se sustentaba principalmente de las limosnas que se pedían por la eras y lagares, que solían estar de acuerdo con las cosechas de ese año.